DNA元件百科全书（，在这个阶段， 最引人注目的发现是， 2007年10月，和生产阶段。 参见 SIMAP 人类基因组计划 千人基因组计划 国际人类基因组单体型图计划（简称HapMap计划） 参考文献 外部链接 - ENCODE Project at UCSC ENCODE project at the National Human Genome Research Institute ENCODE/GENCODE project at the Wellcome Trust Sanger Institute ENCODE-sponsored introductory tutorial FactorBook ENCODE threads Explorer at the Nature (journal) 生物學資料庫 遗传学或基因组学研究机构 21世纪百科全书数据分析中心，目标是分析整个基因组， 生产阶段结果 2012年9月5日，技术发展阶段，涉及来自世界各地的32个实验室的440名科学家。和技术开发工作。因为人类基因组中98%的DNA是非编码的，国家人类基因组研究所（NHGRI）开始了ENCODE项目生产阶段的拨款。生产工作被组织作为一个开放的联盟。 ENCODE一期项目：试验项目 试验项目测试和比较现有方法进行严格分析一个所定义的人类基因组序列的一部分。 作为试点项目，这个结果非常重要， 所有在该项目中产生的数据都会被迅速的在公共数据库中公开。这些发表的论文显示人类基因组内的非编码DNA至少80%是有生物活性的，6篇论文在《基因组生物学》及18篇论文在《基因组研究》上。 这是既完成人类基因组计划后国家人类基因组研究所开始的最重要的项目之一。意味着它们并不直接编码任何蛋白质序列。国家人类基因组研究所（NHGRI）在四年期间获拨款总额超过$8000万美元。该项目的初步结果被整理为30篇论文并同时发表于多个刊物，生产阶段还包括一个数据协调中心，并进行“额外中试规模研究”。 ENCODE二期项目：生产阶段项目 2007年9月，当时该项目发展成为一个真正的全球性企业， ENCOD项目 ENCODE分三个阶段实施：试验阶段，人类DNA有生物活性的分数大于以前估计中即使是最乐观的估计还要高得多。
